以智慧著称的佛学，一方面与现代生物--心理--社会医学模式相契合，足以堪称一门古老的现代医学，另一方面，由于其独特、深遂而全面的思维方式和别具一格的实践方法，使它与工业文明及后工业文明中脱颖而出的现代医学相比，在很多方面都有着独具的长处，足资今天亟待发展深化的现代医学去学习、研究和发掘。佛教医学与现代医学相比，有三个最为突出的特点，下面逐一进行讨论。
第一节 佛教医学具有完整而彻底的哲学基础
如前所述，由生物--心理--社会医学模式所建构的现代医学体系，由于缺乏统一的哲学根基，仅通过系统论将三个层次捆绑在一起，因而导致了各个层面的医学在实践中各行其是、平行发展的局面，使其进一步深化和发展受到严重阻碍。与之相比，佛教医学却有着迄今世界上最为完备而彻底的哲学基础。从根境识三缘和合入手而建立的佛教生物--心理--社会医学体系，并不将根（生物）、识（心理）、境（社会、环境）三个方面视做彼此作用完全相等，而是认为三者当中以心识最为根本，心为法本，心尊心使 。根境识三者缘起而成心身世界所依据的，乃是缘起心枢的法则，直至最后，三者终汇为一心，归于万法唯心的世界本体。
在佛教医学看来，心识是最能动的力量，人类只有通过它才能认识自身和世界。人、社会、自然生态健康与否，心识乃是决定性因素。对心识的这种主导、主宰作用，佛典中多有论述。如原始经典《经集》云：一切依识而立。《杂阿含经》云：心持世界去，心拘引世界，其心为一法，能制御世间。佛教医学认为，人类之所以有流转生死，诸苦交攻的病态人生，其根由并非源于物质现象，乃是人类由心而起，造作身、口、意之恶行所决定，所谓中心念恶，即言即行，福乐自追，如影随形；中心念恶，即言即行，罪苦自追，车砾于辙 。心识这一人生的主宰，同样也是世界的主宰。如《大乘本生心地观经?厌舍品》云：“心清净故世界清净，心杂秽故世间杂秽。我佛法中以心为主，一切诸法无不由心。又如《华严经. 夜摩宫偈赞品》所云：心如画工师，能画诸世间。佛教医学极力主张心是产生世间一切的根本，强调由心故作恶，由心有果报 ，由于自己的心取地狱，心取饿鬼，心取畜生、心取天人而致种种罪苦福乐，高倡一切非源于他，一切自作自受、自负其责的唯是自心所取的观念，认为人的心身道德及社会、自然健康与否，完全由人自己决定，世人举心造业而至种种果报，实不得归咎于任何人之外的因素。此种哲学观在佛教医学疗治众生疾病实践中的积极意义已不言而喻。
自始自终以唯心缘起的哲学观为主线的佛教医学，更进一步为心识描绘出了一个多层次、多功能的总体结构。由表层的眼耳鼻舌身意六种识到底层的第七末那识和第八阿赖耶识（或者还有人总结出第九无垢识），这些心识共同作用，互为缘起，从而变现了当下的众生心身和世界。每个人均以其八识形成了自己独有的身心世界，那些所谓客观外在的诸种事物也不过是自己第八阿赖耶识的相分所变现而产生。如《密严经?妙身生品》云：如是自心内，现境还自缘。《成唯识论》卷一亦云：诸有对色，皆识变现，非极微成。都谓所有境界均为心识所变现，不出八识之范围。人的八识互相缘起，形成身心世界的情况，如《大乘入楞伽经》云：意从赖耶生，识依末那起，赖耶起诸心，如海起波浪，习气以为因，随缘而生起。谓第八阿赖耶识为心体，如大海一样潜藏有各种有漏、无漏种子，第七未那识执此心体为自我，引发出各种习气种子，形成各种境界，从而如风吹动大海一样，兴起眼耳鼻舌身意等诸识的波浪，动荡不宁，无有休止。因此，佛教医学中所谓心识，不仅包括了现代医学模式中人的精神、心理、思维这一层面的内容，还包括了目前人类以自然科学手段研究还未认识到的更深层次的意识结构。佛教医学此种对心识的深入分析，为今天的现代医学解决意识本质这一关键性难题，提供了新的思路。
在认为三界唯识，宇宙万象皆是我人心识中所现，永远无法超出心识的范围这一基础上，佛教哲学终于提出了宇宙万有，在本质上只是一心的万法唯心主张，从本体论的角度，将整个世界归为一绝对真心。如《华严经》所云：三界所有，唯是一心。知一切法，即心自性。《入楞伽经》亦云：诸法无法体，而说唯是心。在万法唯心的观念中，整个世界，除了此一心，别无他物。故此一心乃是作为终极或本来的绝对心，是超越主客观二元，超越时空概念，超越心物对立的绝对本体。宇宙万物皆是这一绝对真心的表现，在众生表现为众生心识的体性或法尔具足的自性，又有心性、本心、真心、自性清净心等多种称谓，在万物则表现为其恒常不、本来如是的法性。此一真常之心随缘显现，而又能随缘不变，不变随缘。正因它如此超越而又随缘，故不可以妄心揣测，超言绝虑，无可名状，所谓出言即错，拟议即乖。同时，它具备的心的不可思议的功用，又要求人们只能向自己的心中去寻求其存在，故方便名之为心，实则较之三界唯识中的心识，又更多了一层本体论内涵。
按照佛教医学应病与药，随方解缚的原则，其治疗所依据的这一彻底的本体论唯心观，实则并非一种纯粹的哲学构建，而只是它根据人类执著外物实有，忽视追求内心的顽疾所采取的一种方便手段。《杂藏经》中明确指出：如世有良医，以妙药治病，诸佛亦如是，为物说唯心。在佛陀看来，此世间之诸种文明，无不在引导人们向心外求，追名逐物，满足贪求欲望，使人类心灵放浪形骸，颠沛流离，找不到自己的家园，遭受种种生老病死之苦。针对人类这种一贯的妄想执著，佛陀才强调心为源为本，万法唯心，自心的无明贪求乃人类所有痛苦、疾病之根源，以期唤起人们对心灵应有的重视；并以自认其心、自净其心、自主其心为根本途径，彻底解脱人类之诸种痛苦，获得永恒幸福，恢复本有之自然健康状态。这正是佛教医学的根本宗旨。从此宗旨出发，佛教医学在对生物、心理、社会、自然各个层面疾病的认识和治疗过程中，都非常重视人的心识在其中起到的重要作用，强调从心识入手，找到每一种疾病的最终根源和解决办法。这又成为佛教医学认识和治疗疾病的最大特色。与今天现代医学由于缺乏统一的哲学观而导致的不良后果相比，佛教医学所具备的完整而彻底的哲学基础，使它能将其整个生物--心理--社会（自然）医学体系融为一体，以人的心识为主线和根本，前后贯通，对每一种具体疾病都可整体地运用佛教医学进行诊断和治疗，从而避免了现代医学中不同层面的医学学科各行其是，无法互相配合的情况。对于现代医学来说，这无疑是最值得借鉴、学习之处。
第二节 佛教医学对对心身关系的独到认识和深入发掘
心身关系认识模糊不清，一直是现代医学模式中最突出的缺陷之一。迄今为止，现代自然科学由于思路的局限，终未能在其外求实证的道路上探究到意识的本质。因而使得现代医学在心身关系的研究中，无法找到一确定的准则。无论是以心身二元论的假定前提为基础，试图揭示心身互相影响的生理机制的研究，还是以心产生于身的唯物论哲学为指导，力求解决大脑如何产生意识以及意识又如何反作用于身体的问题的研究，其结果目前来看都远不能令人满 意。现代医学中对心身关系研究所取得的最重要成果，则是避开心身互相影响的机制，直接研究观察由心理导致的生理变化和由生理导致的意识变化。由此总结出的理论，如巴浦洛夫的条件反射与皮层内脏相关学说、塞里尔的应激学说、沃尔夫的心理生理学说、下丘脑刺激学说以及当前最为热门的对于神经递质的研究等，为现代心身医学奠定了理论基础。
与现代医学不同，佛教医学从其一贯的缘起唯心的角度出发，对心身关系的认识采取了就自然科学看来非常独特的思路，形成了自己独具的一整套理论。其中包括最早的五蕴缘起学说，十二因缘理论以及后来密宗提倡的三层心身理论等。
一．五蕴缘起的心身观
心身的五蕴缘起观，是佛教医学对心身关系所做最初也最为简单的概括。五蕴之蕴意为积聚、品类，五蕴即五种东西积聚合集。心身之五蕴缘起意谓人乃色、受、想、行、识五类东西积集在一起，和合而成，不可分割。五者中色指人的物质身体；受想行识指人的心理意识，总名为心。人由五蕴缘起而成即是由心身二者缘起而成。具体分析，色蕴由地火水风四大元素集合而成，统称四大或四界。地大之性是坚固，表固态；水大之性是润泽、流动，表液态；火大之性为暖热，风大之性为运动。人身中发、爪、齿、皮肤及骨肉筋脉、五脏六腑等物质皆属地大，脑髓、眼泪、汗水、血液、口水、小便等液态物质皆属水大，人的体温及饮食消化之功能属火大。呼吸、动作等属风大，它们共同构成了人的生物有机体及其各种动态功能。受蕴指人主观或心理上因接受外界刺激而产生的感受，包括感觉、情绪、感情等心理活动；想蕴指与感官印象或名词等概念符号相关的意识活动，包括知觉、回忆、思维、想象等；行蕴指人心理有目的、有动机的意向性活动，包括人的意志、动机等；识蕴指人的意识所具有的统觉功能及各种深层心理功能（潜意识功能），为各种心理活动的核心。它们共同构成人心的一面。心与身互相缘起的观点与西方心身平行的二元心身观颇有不同，其着眼点乃是心身相互依存，一体不二的关系，心身合之则双存，分之则两亡。
二．无上瑜伽的三层心身结构
佛教医学这种心身互为缘起，一体不二的思想，在晚期密乘佛教中，得到进一步的丰富和发展，更为深入而细致化了。具体表现为密乘无上瑜伽的三层心身思想。
所谓三层身心，是指无上瑜伽把人身心分成粗身心、细身心及最细身心三个层次。第一层为表层粗身心，其中粗身是指一般人肉眼可见，由四大积集而成的人的生物有机体。从现代生物医学角度看，相当于解剖学、组织学、生理学以肉眼和显微镜观测到人体构造及生理活动。粗心，是指人的眼、耳、鼻、舌、身、意等前六识的感觉、知觉及心理、思维活动。这一层的心身，均粗显易见，为现代心身医学所研究的主要对象，无上瑜伽讨论较少。
三层身心的第二层为潜藏在粗身心下的细身和细心，此乃佛教医学探讨心身关系之重点。所谓细身是指由气、脉、明点按一定法则构成的内在微细的生理机制。虽然人的肉眼不可见，却是表层身心发挥作用的内在根源。其中的气，是指人身中肉眼不见却具有推动生命活动正常进行作用的生命能量，共有108种之多。最重要的气有十种，分为两类。一为根本气，包括五种：持命气为人的生命之本；下行气推动代谢终产物从下身的排泄，如粪尿等；上行气引气上行，维持上半身的饮食、语言、思维等活动；平住气推动胃肠消化吸收；遍行气维系全身的肢体运动。第二类为支分气，分别维持人的五种感官功能。其中行气（龙气）维持视觉功能，循行气（龟气）维持听觉功能，最行气（提婆气）维持味觉功能，正行气（海马气）维持嗅觉，决行气（财生气）维持触觉。
脉，为气所循行之通道，其作用相当于中医所言之经络。无上瑜伽认为人身共有七万二千脉，其中主要的有一百二十脉，更重要者为其中的二十四脉，最为主要的是左、中、右三脉。左脉主行精，右脉主运血。常人的精血行于左右脉中，中脉一般扁缩不通，只有通过专门的瑜伽修炼方法锻炼才能打开。以中脉为轴，在人的项、喉、心、脐、会阴等处向四周辐射出若干支脉，此即为脉轮。其中，项喉心脐四轮为根本轮，心轮中所藏黄豆大的“和合”圆点，为人阿赖耶识之根本。另外中脉底端的海底轮为生命之气的发源地，潜藏有无穷的人体能量。
明点意为精滴，为人身中生命能量的凝聚体，分为三类：第一类为离戏明点，代表了佛陀所说的自性涅槃状态，故无法以人类目前的名词概念描述，只有达到涅槃的人才能见到。第二类为错乱明点，是目前一般人身中所具，又分不坏明点、咒明点及风明点三种。不坏明点禀自父母精血而生，终生不坏，并随人的心理活动之变化在中脉内上下移动。咒明点与风明点都是指在进行无上瑜伽修炼时由观想而结成之明点。第三类为物明点，意谓此类明点有质地及形相。物明点又分净浊二分。其中的净分指禀自父精的“白菩提”和禀自母血的红菩提，为产生人的生命能量和智慧之本；浊分是指以先天的红白菩提为本吸收饮食中之精华而生的各种体液。
气、脉、明点共同组合为人的细身，脉为气与明点运动之轨道，明点为气之凝集，气为明点所蕴能量之运动。
与细身相应的细心，是指潜伏于人的六识之下的第七识与第八识，尤其是指第八阿赖耶识中所深藏的六根本烦恼，二十随烦恼及与八识性妄相联系的一切无明妄想。
在佛教医学看来，细身与细心共同缘集为人的内在生理、心理机制，二者互相依存，一体不二。细身中的气，为识之所乘，是识的物质基础，识则是气的作用表现。如《大幻化网导引法》云：识等诸蕴，彼之本体，为五大之气。具体来说，细心的每一种无明烦恼，皆能引起气脉的变化，导致脉结混乱，缠缚不通。如《密宗灌顶论》云：盖心理上有一分自私，生理上必有一脉自缚。反之，气脉的不畅与缠缚，在细心中则表现为各种烦恼种子，使人心理得不到清净。陈建民《曲肱斋文集?略论金刚乘人与般若乘人用心之大异》曰：九结十使五毒等，以密乘理观之，是脉结缠缚而成。而九结从脉上言，十使从气上言，五毒则从明点上言之也。正因佛教医学发现在人的细身心层面中有如此浑然一体，不可分离的关系，它才能在医治人的心身疾病的实践中发展完善出一套以密乘无上瑜伽气脉明点修炼方法为标志的禅定治疗体系，对调节身心，开发人体潜能进行了深入而成功的开拓。佛教传统生物医学中的藏医学对躯体疾病的治疗亦依据此理论，并在脉中总结出了可以用来进行放血治疗的77条脉。又按脉的生理功能又将其分为三类：来自中心脉的气脉，来自右脉的血脉和来自右脉的水脉。只是其对脉的位置的认识与无上瑜伽略有不同。由于细身的建立乃是依于佛教医学特有的禅定方法，于禅定中通过内省观察而得，科学仪器无法观测，所以现代医学对此并无任何研究。对身、细心层次上的心身关系独特人识，实乃是佛教心身医学理论的一大特色。
佛教医学所说的第三层最细风心，又潜藏于细身心层下，称为本来身心。最细身为离戏明点之运动，最细心则指心未被妄念遮蔽时的本具觉性，二者一体不二，从未分离，并显现出道、根、果三种光明。按无上瑜伽之理论，只有身体之气进入中脉，使由凡夫病态人生而导致的业气转化为智慧之气，打开心轮间覆蔽此本性光明的脉结，最细身心的本来面目才得显现，出现所谓“心华发明，照十方刹”之境界，并以之为基础，改变前两层心身之结构，使整个身体转化为虹光身或大迁转身。由于现代医学对之无任何研究，因此这种理论正确与否尚没有公论，只是从中国西藏地区所出现的很多无上瑜伽修行者临终虹化之现象看，该理论并非完全虚构。目前，现代医学对死亡学研究中所涉及到的有关死亡光明的某些内容，已与佛教医学对于最细心身光明的论述显示出某种一致性，深值得人们注意。
三．心身的时间缘起观——十二因缘及业障病
1.十二因缘
无论是五蕴缘起说还是三层心身说，都只是在空间结构层次上探讨心身关系，除此而外，佛教医学更从时间的绵延性上对心身缘起关系进行了研究，此即是佛陀所宣说的十二因缘理论。
十二因缘之始，谓由心的无明，不知宇宙人生之真实而而缘起行，即人的意志性行为；由行缘起识，即人的深层心理意识；由识缘起名色，即人的心身统一体；由名色缘起六处，即眼耳鼻舌身意等人的六种感知器官；由六处缘起触，即人六种感知器官与外界之接触；由触缘起受，即由触而得的感受；由受而缘起对事物的贪爱，由爱而缘起对事物之执取，由取而缘起对事物的占有，产生三界的生命活动；由有而缘起生于六道之中，终产生衰老、疾病、死亡及各种忧悲恼苦。总的来说，由人心的无始无明状态而导致了当下心身的产生，心身的贪取活动，产生生死忧悲各种痛苦，又加重了无明，从而生生死死循环不已，故十二因缘认为人的心身缘起有一时间延续过程。但总的来说，心身互为缘起，终归于心的无明，如《华严经》云：十二因缘皆依于一心。
具体地分析，十二因缘观的心身缘起可从各个时间相上表现出来，如刹那（一念）十二缘起，相续十二因缘起，三世二重十二因缘和远续十二缘起等。最是代表性的则是三世十二因缘的心身缘起观。谓前世的贪瞋痴等烦恼及所造作的身、口、意行为即是无明与行，乃前世之因，从之而缘起了前世命终到今生投胎的神识（即识）。神识入胎后逐渐形成胎儿五蕴身心，是为名色，至出胎时六根已具备，则为六处。出胎后婴儿期间虽对外境而不分别苦乐即是触，待渐长大后产生感情、情绪即为受，青春期之后对世间之物产生贪爱，即为爱。长大成人，世界观形成，执着于对世间的追求，产生了取，再由贪爱追求而至占有（有），从而造下种种恶业，决定了来世必生于三界之中，继续遭受老病死之苦及诸种烦恼。由此三世身心相连，互相缘起不断。以之可追溯到多生多世乃至无量久远以前，即为远续十二因缘观。
2.业障病
从心身时间缘起角度，佛教医学总结出一种独特的疾病：业障病，又称困果病。业，泛指人等一切众生有意识的造作。从根本上，佛教医学认为人类一切疾病皆是业障病，如《四部医典》中云：诸病总因归纳只一条，只因不解无明为蒙昧。谓由心的无明而造作出诸多业缘，感得各种心身疾病。但此处则专指一种由前世的恶业而感得的疾病。《灌顶经》卷12云：其世间人萎黄之病，困笃著床，求生不得，求死不得，考楚万端，此病人者，或其前世造作恶业罪过所招殃咎所引故也。”按照传统佛教医学观点，此种疾病非药石所能治愈，唯须忏悔业障，广行放生写经，布施众生等善举，以其功德消业除病。
佛典中分析了很多业障病病例，佛陀本人即从宿世业障的角度解释自己患背痛、头痛、骨节烦痛的原因。抛开业障病的宗教教化内容，从唯识哲学、华严哲学及现代全息论角度看，业障病或因果病的提法颇有意义。
心身缘起的时间流程同样遵循此生故彼生，此灭故彼灭的因果法则。按照唯识学理论，心身造作的各种业行皆在阿赖业识中作为无形的种子潜藏下来，不会失灭，只待因缘聚会时发动现行，产生果报，然后又成为新的种子，如此因果循环反复不已。每一种子的由因感果，按照华严理论，皆是此前时空中一切因素共同作用之结果，虽然各种因素作用不同，但总不违一法缘起一切法，一切法缘成一法，一即一切，一切即一的道理，因此，从当前的心身疾病现象，即可发现过去乃至久远以来的影响因素，然后寻找对治措施。这一思路与宇宙全息论基本一致，只不过将其运用在人的疾病观察上而已。
在宇宙全息论影响下，生物全息医学已经诞生，但尚限于及生物体自身局部对整体的全息反映。而按照华严理论，宇宙全息的反映是时空统一反映。一方面，一尘中可容纳大千世界；另一方面，一念无体，即赅大劫，大劫无体，即赅一念。佛教因果业障病概念，更多的是从时间全息的角度探讨病因。所谓果依众缘，报通三世，多劫以前的心身造业在因缘会合后，可在现有心身上表现为疾病。
对因果业障病的治疗，佛教医学依于万法唯心的观点，更多地强调忏悔、行善积德等改造心灵的治疗措施，所谓罪从心起将心忏，心若灭时罪亦亡。业既由心造，因果病当然可由心转。以新造作的善业，对治过去所造之恶业，使恶业之果带来的疾病痛苦在新的善业之因影响下发生改变，这可谓抓住了治疗的根本。但另一方面，华严理论一即一切，一切即一的观念揭示出，在佛教医学中时空本来同一，心物本来不二，所有时间因素都可通过空间方式表现出来，因此，只要人们充分发挥潜力，通过物理、化学、生物等物质手段，同样可以达到根除业障病的效果。近现代以来新的检测、治疗手段的发明，已使许多过去被视为物质手段无能为力的属于佛教医学业障病范畴的疾病(如先天性疾病等)，都得到了根治。而且，随着现代医学的发展，尤其是生物基因工程的日新月异，人们以物质性手段治愈业障病的能力必会越来越强。从这种意义上说，佛教医学的业障病概念虽为现代医学所缺乏，但佛教医学并不如通常人们所认为的那样，在此问题上与现代西医学截然对立，反而可在治疗方法上应用现代医学的手段，形成一种借鉴吸收的关系。
总的说来，佛教医学对心身关系的认识，更多的是在其特有的缘起心枢的哲学观指导下，通过禅定思维观察而建立。这与现代医学缺乏完整的哲学思路，又主要依赖仪器设备观测而建立的心身关系理论相比，自有其独到之处。二者的互相结合，必会对人类认识和改造自身带来更大的促进。
第三节 佛教医学的禅定修证治疗体系
过于依赖外在力量，如药物、手术器械等物理、化学、生物治疗工具，而缺少一套行之有效的自主调控身心的治疗方法，一直是现代医学在保护人类健康，治疗疾病过程中的重大缺陷。随着科技发展及其在医疗中的应用，这一不足反而更显得日益突出。与之相比，强调人的主动性，提倡自主调节身心，开发人的潜能，并总结完善出一整套以禅定为手段的修证治疗体系，实乃佛教医学的又一大优势。
一．禅定简介
禅定，意为净虑，即在内心寂净的状态下进行思考审虑。如《俱舍论》卷二十八云：由定寂净，慧能审，故虑体是慧。定有净用及生慧虑，故名净虑。约略相当于儒家《大学》中定而后能净，净而后能安，安而后能虑，虑而后能得”之意。禅定又称止观。止即指定，所谓心一境性之意，即人的心念持久地专注于某一事物或情景而不散乱。观即是思考、观察，以佛教哲学所提供的正确见解在定中对事物进行分析、体究，以期获得证知实相的超越性智慧。禅定中须止观双运，定慧等持，方不致落入死定或狂慧，起到身心双向调节作用。目前，国内对气功锻炼和国外对瑜伽净坐的研究，已从现代生物学和心理学的角度初步肯定了禅定对身心的调节作用。如国内对气功锻炼者的生理、生化指标进行的分析显示出，禅定可使其锻炼者的心脏、呼吸、基础代谢、内分泌及神经系统发生变化，从而使身体得到休整和恢复，增强人的免疫能力。国外对瑜伽静坐的研究也表明，在禅定状态下，人的脑电波会发生相应的变化，这与国内气功界通过长期观察，认为禅定锻炼可使人心情安定愉悦，烦恼减弱，自信心增强的结论是相一致的。
二．佛教医学三大禅定体系
佛陀及其跟从者在长达两千多年的追求永恒幸福的修炼实践中，不断探索、创新，从各个角度，运用各种不同的方法调控身心，力求自识其心、自净其心、自主其心，实现人生的超越，复归本然 的涅槃健康状态，由此，总结完善出了一整套调控身心的修证治疗体系。就佛教医学而言，其对禅定的认识与把握已臻于成熟，并成为其救治众生疾苦的最得力、最有特色的工具。
佛教医学中的禅定治疗体系，按其发展过程，可分为三部分，即小乘禅定、大乘禅定，密乘禅定，每一部分又都自成体系。小乘禅定重在个人的身心解脱，以停息一切心身活动的灭尽定为最高禅定境界，对破除人们病态的妄想贪执具有极好的对治作用。依南传上座部经典，小乘禅定中修定的方法有四十种之多，修观的方法有四种，配合四十种定使用，形成一套完整的体系。北传小乘禅法中，修定之门比南传还多出近二十种，亦自成体系。总的来说，小乘禅定修定的方法，主要有南传的十遍、十不净观、十随念、四梵住、四无色定、一想、一差别及北传的十想、八背舍、八胜处、十六特胜、通明禅等，异常丰富。其中尤以数息观和不净观最为常用，在北传禅法中称为“二甘露门”。
不净观谓禅定修习者主动想象或到坟场中观察人死后尸体从肿胀青瘀到溃烂而成白骨的十个过程，包括尸体的青瘀相、脓烂相、断坏相、食残相、散乱相、斩柘离散相、血涂相、虫聚相、骸骨相等十种相的观想，从而放弃对自己身体与他人身体的过度执着和贪恋，得到心灵的自在解脱。数息观又称安般念，是从数呼吸入手，渐次经过数、随、触、止、还、净七门而入定的方法。由于人的思维紧张程度与呼吸关系密切，故由数息入手而平息思虑妄想，为一般小乘禅定的入手方法。
至于小乘修观的方法，有四谛观（思考苦、集、灭、道之理）、十二因缘观、三随观（思考无常、苦、无我）和三解脱门（包括空随观、无相随观、无愿随观），四者所观内容互有交叉，总以三法印为根本。
佛教医学中的大乘禅定以渡尽一切众生共同成佛涅槃为宗旨，不仅以其无住涅槃的真空妙有思想全面包括了小乘禅定的所有内容，更有大乘禅法独具的所谓出世间上上禅和非世间非出世间禅，号称百八三昧乃至八万四千、无量种三昧之多。据《瑜伽师地论?菩萨地》，大乘菩萨禅分为九种：自性禅、一切禅、难禅、一切门禅、善人禅、一切行禅、除烦恼禅、此世他世乐禅、清净净禅。总的来说，大乘禅具有三个 方面的作用，一是可伏断烦恼，止息妄念，获得身心轻安的现法乐住，二是可通过禅定开发人的各种潜能，如智慧、神通、悲心等，三是可通过禅定成就利益众生的诸种能力，为众生服务。但由于大乘禅所要求境界颇高，修习方法亦不详，故历来少有人真正修持运用。实际用来修持的大乘禅法反而很少，只有实相禅和念佛禅两种。实相禅包括《般若经》中的一行三昧、一相三昧，《楞伽经》中的观察义禅、攀缘如禅、如来清净禅，《大乘起信论》中的“真如三昧”，天台宗的一心三观、圆顿止观，华严宗的法界三观，唯识宗的五重唯识观，禅宗祖师禅，净土宗实相念佛等，以思维真如实相为方法，达到最终契入实相，永证涅槃。念佛禅以思念佛的名号、相好、功德、净土等为方法，以求念佛成佛或往生佛国净土。其中包括念佛三昧、般舟三昧、天台宗常行三昧、净土宗念阿弥陀佛等。
密乘禅定属于大乘禅定，同样以普渡众生、自利利他为宗旨，但其具体的禅定操作方法与原有的大小乘禅定在外观形式上多有不同，别具特色，花样繁多，在佛学发展到晚期才出现，并自成体系，故别立一门。三乘禅法中，以密乘禅法为最多。按其出现顺序、理论深浅，密乘禅定可分为事部、行部、瑜伽部和无上瑜伽部四部瑜伽。按修习目的和方法，又可分为三类：本尊法、气脉明点修法和菩提心、光明修法。此三者所依据的理论均为密乘禅定所独有，乃佛教医学禅定治疗体系在大小乘禅定基础上的进一步发展和完善。
本尊法以三密相应为理论基础，谓人们的本来清净心性因迷执而不显，故选取一位已证得此本来面目的佛为自己的本尊，在修习时以自己的身口意与本尊的身口意相应无间，从而与本尊感应沟通，获得加持，使自己本来的清净身口意三密速疾显现，即身成佛。四部瑜伽各有多种本尊法，下三部瑜伽的本尊法分为佛部（以五方佛为主尊）、莲花部（以观音菩萨为主尊）、金刚部（以不动明王为主尊），无上部瑜伽的本尊法分为父部（以密集金刚为主尊）、母部（以上乐金刚为主尊）、无二部（以时轮金刚为主尊），其本尊虽各有差别，但修习原理及方法皆大体相近。气脉明点修法的理论依据为密乘无上瑜伽的三层身心观，以观想、调息或诵咒为手段，调控并改善自身的气脉明点，促使人的身心发生变化。主要有九节佛风、宝瓶气、拙火定等多种方法。菩提心及光明修法，以无上瑜伽心性即光明的思想为理论依据，将心性及心性光明作为禅观对象。其中“净菩提心观”把人的本来心性形象化为明月之光，光明大手印、大圆满彻却等，则直接观察心性光明。
佛教医学总的思路特点，乃如陈兵先生所言，认为病生于业（心理与行为），业起于心，心的无明、烦恼乃所有痛苦之源乃至世间一切污秽、痛苦之本。只有众善奉行，自净其心，修戒定慧三学乃至菩萨六度，由人心净化导致人体净化，由人心净化导致国土净化 ，才能最终实现其度尽所有众生入无余涅槃的终极健康目标。（信息来源：香港宝莲禅寺）
编辑：明蓝
